استغرق الأب أنستاس في تأليف ومراجعة معجمه "المساعد" أكثر من أربعين عاماً ونشر فصولا منه في الدوريات، ويعد "المساعد" من أهم المصادر في درس العربية وأسرارها إذ إنه اعتمد "محيط المحيط»" لبطرس البستاني وحذف منه وأضاف إليه ما استجد من أصول لغوية حديثة ومفردات ردها إلى أصولها، وهذا الكتاب "المخطوط" يقع في خمسة مجلدات ونسخته الفريدة بخطه في دير الآباء الكرمليين في بغداد، ولم يطبع منه سوى الجزء الأول في بغداد عام 1972 بتحقيق وتعليق وصنع فهارس لكوركيس عواد وعبدالحميد العلوجي، ويحتوي المخطوط بأجزائه على نحو 3203 صفحات وهو مكتوب بخط ناعم ودقيق.

ويلاحظ أن خط أنستاس يأخذ حجمه في الكبر كلما تقدم به العمر ولقد حوى المعجم ألفاظاً لا تحصى وناقش فيه آراء بعض اللغويين المتأخرين ورد عليهم وأحصى ما فاتهم من مواد لغوية وبالتالي فالمعجم "المساعد" عبارة عن الكلمات أو المواد اللغوية التي فاتت اللغويين ومؤلفي الدواوين العربية وكان قد سمى معجمه أولاً بـ "ذيل لسان العرب" ثم عدل عنها إلى لفظة "المساعد" عنواناً له.

وظل الكرملي يعمل في تأليف هذا المعجم حتى عام 1946 جمع فيه من كلام المولدين وذكر بجانب كل لفظة جميع الألفاظ التي تشابهها من بعض الأوجه وحشر في مساعده كثيراً من الغريب وغريب الغريب وجمهرة من الألفاظ المولدة أو العامية.

ويلاحظ أن كثيراً من زياداته كلمات مهجورة أو ميتة وقد جمع أيضاً بعض أوضاع النبات والحيوان والمعادن ووضع بجانبها ما يقابلها باللغة الأجنبية وكذلك انطوى على الكثير من ألفاظ الحضارة وقد انتهج أسلوب البحث المقارن بين المفردات العربية وما يقابلها من الألفاظ الشرقية والإفرنجية.

ويذكر الكرملي أنه قد جارى لغويي الغرب، ومع ذلك فالمؤلف يعتبر ما جمعه هو قطرة من بحر ولم يأت بكل ما يرى مبعثراً في كتب القوم بل ببعض ما وجده يقول:"... وإلا فالعمر يغني ولا نكون قد جمعنا إلا قطرة من بحر وهكذا يفعل غيرنا ولا يحق لأحد أن يدعي الإحاطة، فإن هذا الأمر من رابع المستحيلات في لغتنا"، وما جمعه الكرملي كان مستدركاً على اللسان ولهذا سمي معجمه "ذيل اللسان" وكان قد تعرض في بعض المواضع لأشياء ذكرها "أبي منظور" ذكراً ناقصاً فأشار الكرملي إلى هذا النقص وعندما يذكر كلمة "أيضاً"، فهي إشارة إلى تتمة ما جاء في اللسان عن اللفظة واستقصى الكرملي في هذا المعجم تطور معاني الألفاظ باختلاف العصور، و"المساعد" معجم بلا تمهيد ولا مقدمة بل هو مسودة معجم تمردت مواده على التنسيق الهجائي وزلت عن أيما ترتيب، أما الأسلوب الذي اتبعه في وضع مستدركه على لسان العرب فيتصف بالتدقيق والتحقيق والمقابلة والمعارضة ليظهر الحق وقد اعتمد في ذلك على مراجع لغوية عدة ولم يجتزئ بنسخ المعجمات بل توخى التحقيق.

ويبحث الكرملي في المعجمات اللغوية القديمة كالمخصص والقاموس وتاج العروس وغيرها... لقد اعتمد المؤلف على مصادر أجنبية وعربية عدة في ترجيح ما يراه جديراً بالترجيح أو في تبديد ما يستأهل التبديد من الآراء والمذاهب عند تحديد المضمون اللغوي للمادة. وقد استخرج كثير من الباحثين فوائد كثيرة ومنهم من نقل منه واستشهد به مثل العلماء محمد رضا الشبيسي

ومصطفى جواد والأب أوغسطين مرمرجى ويوسف مسكوني وميخائيل عواد وكوركيس عواد

• الفوز بالمراد في تاريخ بغداد، ويتناول تاريخ بغداد منذ سقوطها بيد هولاكو حتى عام 1495

• النقود وعلم النميات، ويبحث في تاريخ النقود عند العرب

• أرض ما بين النهرين، وقد نقله من الإنكليزية لمؤلفه بيفن.

• خلاصة تاريخ بغداد

• متفرقات تاريخية

• اللمع التاريخية والعلمية بمجلدين وقد جمعها ما بين 1895 - 1907

• حشو اللوزينج وهو بحوث وتعليقات تاريخية .

• الأنباء التاريخية

• مختصر تاريخ العراق

• من أهم منجزاته «المعجم المساعد»، وكذلك اصداره مجلة «لغة العرب».

• أغلاط اللغويين الأقدمين

• الأكليل.. تأليف أبي محمد الحسن بن أحمد بن يعقوب بن يوسف بن داود المشهور بالهمداني، اخرجه إلى الطبع انستاس ماري الكرملي

• كتاب بلوغ المرام، في شرح مسك الختام في من تولى ملك اليمن من ملك وإمام، تأليف القاضي حسين أحمد العرشي، عني بنشره أنستاس ماري الكرملي

• رسائل الأستاذ الرئيس محمد كرد علي إلى الأب أنستاس ماري الكرملي، حققها وقدم لها وعلق حواشيها حسين محمد العجيل

• رسائل في النقود العربية والإسلامية وعلم النميات، أنستاس ماري الكرملي

• الرسائل المتبادلة بين شيخ العروبة أحمد زكي باشا و الأب أنستاس ماري الكرملي، حققها وعلق حواشيها حكمت رحماني

• الرسائل المتبادلة بين الكرملي وتيمور، عني بتحقيقها والتعليق عليها كوركيس عواد، ميخائيل عواد، جليل عطية

• السيلى أو السلى أو بلاد السرق، بقلم انستاس الكرملي

• العقد، أنستاس الكرملي البغدادي

• فضل العرب في علم الحيوان، أنستاس ماري الكرملي

• الكلمات غير القاموسية، «جواب الأب أنستاس الكرملي على اقتراح الأستاذ المغربي»

• المساعد، أنستاس ماري الكرملي؛ كوركيس عواد؛ عبد الحميد العلوجي.. تحقيق وتعليق

• مناظرة لغوية أدبية بين الأساتذة عبد الله البستاني، عبد القادر المغربي، انستاس الكرملي

• نخب ذخائر في أحوال جواهر، تأليف محمد بن إبراهيم بن الأنصاري السنجاري بن الأكفاني؛ عني بتحريره وتعليق حواشيه أنستاس ماري الكرملي

• نخب الذخائر في أحوال الجواهر، تأليف محمد بن إبراهيم بن ساعد الأنصاري السنجاري المعروف بابن * الأكفاني؛ تقديم أنستاس ماري الكرملي

• نشوء اللغة العربية ونموها واكتهالها بقلم أنستاس ماري الكرملي

• النقود العربية وعلم النميات، عني بنشره ماري الكرملي البغدادي